Como lo indica nuestro proyecto educativo, la pedagogía Agustiniana hace del colegio un lugar de diálogo entre la Fe, la cultura, la ciencia y vida, considerando los sectores de aprendizaje como un lugar privilegiado para el desarrollo integral y de excelencia de todos los niños, niñas y adolescentes que son parte de nuestra comunidad.
La dirección académica del colegio San Agustín es el responsable de la planificación, coordinación, supervisión y evaluación del área académica, operacionalizando las políticas educacionales tanto ministeriales, como institucionales, procurando el cumplimiento de lineamientos y metas propias del colegio.
Tiene por misión contribuir al proceso de enseñanza y aprendizaje, a través del acompañamiento y desarrollo de las coordinaciones de ciclo en materias de gestión y desarrollo curricular, además del fomento en acciones que impulsen un aprendizaje integral y de excelencia.